События происходят сразу после окончания 2-го сезона Индекса Волшебства. Искусственного Ангела удалось остановить, Нулевики успокоились, Акселератор стал членом GROUP. Надвигалась война между Академия Сити и Римско-Католической церковью. В городе всячески подготавливаются, эсперы лихорадочно проходят усиленный курс обучения, так как они тоже будут задействованы. Тем временем Цутимикадо, во время одного из заданий, находит странные документы, в которых говорилось о необычной зоне Академия Сити, которая могла стать полезной для Римско-Католической церкви. Дочитать парню не дали ворвавшиеся в здание маги Лютеранской церкви. Похитив документы, они скрылись в неизвестном направлении, предварительно усыпив Цутимикадо. Похоже, в надвигающуюся войну вмешается третья сторона, но зачем?.. Это Мотохару и решил выяснить, отправившись расспрашивать об этих документах и Лютеранской церкви Индекс Запрещенных Книг. Вдруг она что-то знает?..