Возвращение Узумаки Наруто означало новые действия со стороны террористической организации Акатсуки. Заполучив биджу, в том числе и Однохвостого, они направились в Скрытый Лист за Девятихвостым. Учиха Саске, убивший Орочимару и своего брата, узнает правду об Итачи и вступает в Акатсуки, чтобы их использовать для своих целей. Однако не все так просто: битва мстителя заканчивается его победой, но вовремя подоспевший отряд шиноби Конохи оказывает первую помощь умирающему Итачи и отправляет его в селение для дальнейшего допроса. В это время возвращается в Скрытый Лист Джирайя, едва живой после сражения со своим учеником. Теперь у Пейна еще больше причин атаковать Коноху.
Кабуто воскрешает Орочимару, благодаря своим навыкам и записям Змеиного Саннина. Бывший лидер Отогакуре хочет накалить обстановку, чтобы помешать Конохе вести разведывательные действия в опустевшем логове Змея. Война Скрытого Листа и Скрытого Камня? А почему бы и нет!